Station de dendrométrie

La station de dendrométrie de la plateforme SILVATECH est un système d’imagerie avancé dédié à la dendrochronologie et à l’anatomie quantitative du bois. Elle permet d’imager, de manière automatisée et reproductible, les échantillons de type carotte et rondelle de bois avec une très haute résolution optique, dans des conditions de contraste optimales (transmission, réflexion, polarisation).
Ce système permet de dépasser les limites des scanners à plat traditionnels, notamment pour les essences complexes comme le hêtre ou les séquences de cernes très fins, grâce à l’imagerie optique par macroscope et à l’assemblage automatique d’images mosaïques à haute résolution.

Composants principaux de la station :

• Macroscope motorisé Axio Zoom V16 (Carl Zeiss) avec zoom optique 3,5x à 56x, distance de travail constante de 114 mm.
• Caméra couleur Axiocam 820 de 20 mégapixels (résolution maximale : 1,4 µm/pixel).
• Platine XY motorisée grand débattement 510 x 500 mm avec support dédié pour carottes, rondelles et lames fines.
• Eclairages LED segmentés en réflexion et transmission, avec polarisation motorisée.
• Portique de support stabilisé sur mesure pour garantir la répétabilité des acquisitions sur grands formats.

Fonctionnalités logicielles (ZEN 3 Pro) :

Le logiciel ZEN 3 Pro permet :

• l’acquisition automatisée en 2D (mosaïque) et 3D (Z-stack),
• l’ajustement dynamique du focus (autofocus, focus étendu),
• la calibration automatique des échelles entre différents objectifs,
• la superposition d’images acquises en conditions différentes (lumière blanche, polarisation),
• l’exportation dans divers formats pour traitements ultérieurs (ImageJ, Fiji, etc.).

Conditions expérimentales et échantillons

• Carottes de bois : jusqu’à plusieurs simultanément, numérisation automatisée à haute résolution.
• Rondelles de bois : imagerie d’ensemble (jusqu’à 50 x 50 cm) pour analyses globales et locales.
• Lames fines : éclairage par transmission pour observation anatomique détaillée.

Applications :

• Dendrochronologie et datation des cernes
• Études dendroécologiques (résilience, croissance, perturbations).
• Anatomie quantitative (analyse cellulaire, densité intra-annuelle).

Exploitation et valorisation :

Les images générées sont stockées sur une station de travail performante avec 22 To de capacité. Le traitement peut être réalisé sur des postes déportés via Zen Lite ou autres logiciels open source. Les mesures sont reproductibles, traçables, et intégrables dans des bases de données de suivi de long terme.

Accès à la station :

La station est gérée par la plateforme SILVATECH. Elle est accessible en prestation ou en autonomie selon les projets, et partagée entre les équipes de l’UMR SILVA, les partenaires scientifiques et les projets académiques ou collaboratifs.

Mise en service et perspectives :

Mise en service en novembre 2023. Déjà intégrée dans un projet de stage de Master 2 lié à une thèse sur la résilience du hêtre aux sécheresses. De nouveaux projets de mutualisation et d’analyse inter-sites sont en cours de montage.

Contact :

• Responsable des équipements : Adeline Motz adeline.motz@inrae.fr 
• Responsable du pôle : Julien Ruelle julien.ruelle@inrae.fr